Mikkel er marinebiolog, men har trukket sig tilbage til sit sommerhus ved Vesterhavet, hvor han helliger sig sin interesse for japanske træsnit.
Naboens nye kæreste får så småt slået hul i Mikkels selvvalgte isolation, og inspireret af motiverne fra de gamle billeder beslutter han sig for at rejse til Tokyo.
Her midt i al det fremmede møder han Miko, en ung kvindelig fotograf, der arbejder for politiets drabs­afdeling. Men han bliver også opsøgt af den for længst afdøde japanske billedkunstner Hokusai, der tilsyneladende befinder sig fint i den moderne storby.
EFTER FUJIYAMA er en fortælling om, hvordan der ser ud omme på den anden side af alting.